Классические методы изучения филогенеза:

      -   сравнительно-анатомический (изучение сходства и различий в строении современных организмов);

      -   сравнительно-эмбриологический (обнаружение сходства в ходе эмбриогенеза);

      -   палеонтологический (изучение скелетов вымерших форм в последовательно залегающих слоях земной коры).

В настоящее время для изучения филогенеза используют методы цитологии, биохимии, молекулярной генетики. Цитология показала принципиальное сходство в строении всех эукариотических клеток, как одноклеточных, так и многоклеточных организмов.

Рис. 5.1. Филогенез основных групп организмов

Биохимия установила различия в последовательности аминокислот в молекулах цитохрома С у разных организмов - от бактерий и дрожжей до человека. Поскольку каждая замена аминокислоты в молекуле белка может быть связана с заменой одного, двух или трех нуклеотидов в соответствующем кодоне ДНК, можно вычислить максимальное и минимальное число нуклеотидных замен, приведших к наблюдаемым заменам аминокислот, и по ним построить древо происхождения организмов. Молекулярная генетика с помощью метода гибридизации нуклеиновых кислот разного происхождения устанавливает степень родства между ними по проценту одинаковых нуклеотидных последовательностей в ДНК.